Ioannis Kourounis gründete Istion 1992 auf Kos. 2007 verlagerte das Unternehmen seine Hauptverwaltung nach Athen, während die Inselbasis weiter zum Betrieb gehörte. Aus dem Ausgangspunkt im Dodekanes entstand ein Netz in unterschiedlichen griechischen Segelrevieren. Die heutige Istion Yachting S.A. ist damit ein Anbieter mit eigenen Basisorganisationen, dessen Kundenbetreuung jedoch am jeweiligen Startort stattfindet.
Das Unternehmen verwaltet auch Yachten privater Eigner und begleitet Kauf, Ausrüstung und anschließenden Charterbetrieb. Eine Yacht in der Istion-Flotte ist deshalb nicht automatisch Eigentum der Chartergesellschaft. Im Reiseangebot trennt die Gruppe mehrtägige Bareboat- und Skippercharter, vollständig bemannte Reisen unter Istion Luxury Yachts und kürzere Ausflüge unter Yachthop. Eine Tagesfahrt und die Übernahme einer Yacht für eine ganze Woche sind unterschiedliche Produkte – auch wenn der Gruppenname derselbe ist.
Seit 2023 gehört Skradin in Kroatien zum Angebot. Dort liegt die Flotte in der ACI Marina; als griechischer Anbieter betreibt Istion damit auch einen konkreten Standort an der Adria. Die Auswahl umfasst Segelyachten und Katamarane, unter anderem Dufour, Oceanis, Excess und Bali. Die Basis stellt eigene Anreiseinformationen und Routenvorschläge in Richtung Kornaten oder zu den Inseln vor Split bereit. In Griechenland unterscheiden sich die Ausgangspunkte entsprechend zwischen Ionischem Meer, Sporaden und Ägäis.